Al in de romeinse tijd werd deze kaassoort vernoemd en geroemd; de franse Jura was toen al een gekend kaas-fabricage-gebied. De Comté, die ook wel Gruyère de Comté wordt genoemd, kent een specifiek fabricageproces:
 
Na het stremmen wordt de wrongel versneden tot uiterste kleine kaaskorreltjes en wordt de temperatuur opgevoerd tot 54 a 55 'C. In de persen wordt vakkundig gedurende ongeveer 24 uur de kaas "gevormd", waarna hij naar de rijpingskamers wordt gebracht en opgelegd.
 
Het rijpen van een Comté duurt tenminste 6 tot 9 maanden. De echte kaasspecialist zal zoveel mogelijk zich richten op de oudere en doorgerijpte soorten (tussen 14 en 24 maanden)